Året er 1204 og Konstantinopel står i flammer. Det fjerde korstog har inntatt byen, der pilgrimer plyndrer, dreper og brenner ned. Den bysantiske historieskriveren Niketas har søkt tilflukt i en av byens kirker, og blir i siste liten reddet av en ukjent mann ved navn Baudolino. Under flukten forteller Baudolino sin historie, i håp om at Niketas en gang skal nedtegne den. Som 13-åring blir Baudolino keiser Fredrik Barbarossas fostersønn, og etter hvert også hans rådgiver i maktkampen mellom keiserdømmet og pavemakten i Roma. Baudolino følger Fredrik på det tredje korstoget mot Det fjerne østen, der de håper å finne den myteomspunne Johannes Prests rike. På reisen dør keiseren under mystiske omstendigheter, og Baudolino frykter han er blitt myrdet.