Milano, 1497. I klosteret Santa Maria delle Grazie er Leonardo da Vinci i ferd med å legge siste hånd på Nattverden, et av verdens mest berømte kunstverk. I Roma har paven mottatt en rekke anonyme brev som mer enn antyder at ikke alt er som det skal med maleriet. Hvorfor har ikke disiplene glorier? Og hvorfor har Leonardo malt seg selv med ryggen mot Jesus? Fader Agostino Leyre, inkvisitor og kodeekspert, blir sendt til Milano for å finne sannheten. Mens han er der, blir byen rystet av flere mystiske drap. Har de noe med Nattverden og dens berømte opphavsmann å gjøre?