Under annen verdenskrig sendte Japan av gårde to ubåter med sikte for vestkysten av USA, lastet med biologisk virus, men ingen av ubåtene kom frem til målet. Noen vet om ubåtene og hva de har om bord, de vet også hvor de befinner seg. Og de har en ondskapsfull plan. Det eneste som står i veien for planene er marinbiolog Summer, marineingeniør Dirk og faren deres, Dirk Pitt, den nye sjefen for NUMA.