'Kirke i krig' er historien om en 'annerledes' kirke. En kirke i et land som er okkupert av en fremmed makt. En kirke for et folk som er kneblet av sensur og terror. Teatrene, skolene, idrettsarenaene, arbeidsplassene - alt skulle nazifiseres. Også kirken. Den norske kirken, statskirken, var like overrumplet som det militære Norge var 9. april. Etter en famlende start, overrasket de et helt folk gjennom et uredd hyrdebrev som ble lest opp i landets kirker. En knusende kritikk av det herskende NZ-styret. Dette ble starten på det som har blitt kalt kirkekampen og som førte til at prestene fulgte sine biskoper å la ned sin statlige del av presteembetet. Fra da av var det to kirker i Norge. Men kirkekampen er mye mer: Kirkeklokker som ble til tyske kanoner, bedehus som ble fangeleir, forbud mot å lage Bibel- papir, biskopen som ville ha kamp foran alteret....