"En liten jernbanestasjon i krig" er en følsom, humoristisk og lett melankolsk skildring av en dag i praktikanten Milos Hrmas liv. Handlingen utspiller seg på en liten tsjekkisk jernbanestasjon i 1945. Tyskerne er i ferd med å tape krigen, men fortsatt ruller troppetransportene forbi. Som nylig hjemkommen rekonvalesent etter et selvmordsforsøk registrerer Milos alle detaljer ved stasjonens liv. Historien utvikler seg dramatisk, da Milos og stasjonsarbeideren bestemmer seg for å sprenge et ammunisjonstog.